Garnelen lieben sauberes und gut gefiltertes Wasser, nur darin fühlen sie sich wohl. Daher muss in einem Garnelenaquarium ein hochwertiger und leistungsfähiger Filter verwendet werden.
Der Mattenfilter
Aufgrund der enormen Filterleistung wird häufig ein Mattenfilter für die Haltung von Garnelen empfohlen. Aufgrund seiner großen Filterfläche, der langsamen Durchflussgeschwindigkeit und der Ungefährlichkeit für Garnelen ist ein solcher Mattenfilter, auch oft HMG genannt, die beste Möglichkeit für das Garnelenaquarium. Ein solcher Mattenfilter kann leicht selbst hergestellt werden. Dazu wird einfach ein Stück Filtermatte in eine Ecke des Aquariums gespannt und mit einem Luftheber oder einer Punkte das Wasser von einer Seite der Filtermatte auf die andere Seite gepumpt. Das Wasser läuft dann durch den Höhenunterschied automatisch durch die Filtermatte auf die andere Seite und wird dadurch gefiltert.
Der Innenfilter
Allerdings können auch andere Filter wie der Innenfilter bei der Garnelenhaltung zum Einsatz kommen. Speziell in Nanoaquarien, die ein sehr geringes Wasservolumen haben, ist nicht genügend Platz für einen Mattenfilter vorhanden. Hier greifen viele Aquarianer zu einem Innenfilter. Dieser muss aber mit einem Stück Filterschwamm oder einem Damenstrumpf gesichert werden, da sonst der winzige Garnelennachwuchs angesaugt werden kann.
Der Außenfilter
In größeren Aquarien stellt sich ein leistungsfähiger Außenfilter meist als gute Lösung heraus. Auch bei diesem Filter sollte man das Ansaugrohr so bearbeiten, das es garnelensicher wird. Alternativ kann man das Ansaugrohr hinter einer über die Aquarienecke gespannten Filtermatte anbringen. Dadurch werden die Junggarnelen nicht angesaugt und zudem die Filterleistung durch die zusätzliche Filtermatte erhöht.
Der Bodenfilter
Spezialisten greifen teilweise auch zu Bodenfiltern. Hier wird am Aquarienboden künstlich ein Hohlraum angelegt. Das Wasser wird dort angesaugt. Dadurch strömt das Aquarienwasser durch den Bodengrund, der das Filtermedium bildet. Allerdings wird bei dieser Filterung der Schmutz tief in den Bodengrund gesaugt und verrottet dort schnell. Ein Bodenfilter sollte nur von erfahrenen Aquarianern eingesetzt werden und hat einige Nachteile die ihn für das Garnelenaquarium nicht empfehlen.